Teren Nadleśnictwa został ukształtowany poprzez dwie formy zlodowaceń środkowopolskie i północnopolskie. Ich granica przebiega przez Choinówek pod Szczuczynem - Grajewo - Czarną Wieś pod Rajgrodem - Orzechówkę nad jeziorem Tajno. Linia ta dzieli teren na dwie strefy geomorfologiczne (południową i północną). Każda z nich wykazuje odmienny typ rzeźby.

Teren na północ od Grajewa jest urozmaicony młodymi formami geomorfologicznymi z wykształconymi misami jezior Dręstwo, Rajgrodzkie, Toczyłowskie i Mieruckie. Część wschodnia ma charakter powierzchni pokrytej sandrami i bagnami. Wyraźne obniżenia stanowią tu szerokie doliny meandrujących rzek Biebrzy, Jegrzni i Ełku.

Nadleśnictwo Rajgród znajduje się prawie w całości w dorzeczu Biebrzy. Płynie ona zabagnioną doliną zwaną Kotliną Biebrzańską, stanowiącą największy obszar bagien
w Polsce. Ważnymi zbiornikami wodnymi znajdującymi się w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Rajgród są cztery otoczone lasami jeziora: Rajgrodzkie, Toczyłowskie, Dręstwo i Mieruckie.

Warunki klimatyczne panujące w tej części kraju mona uznać za niekorzystne lub wręcz surowe, okres wegetacji jest krótki, pokrywa śnieżna zalega długo, bardzo często występują jesienne i wiosenne przymrozki.

Ze względu na  uwarunkowania klimatyczne, glebowe i antropogeniczne. Lasy Nadleśnictwa są bardzo zróżnicowane. 

Ze względu na strukturę troficzną siedliska Nadleśnictwa Rajgród dzielimy na:

·         bory  –  14,63%  (1634,03 ha),

·         bory mieszane   –  47,77%  (5334,27 ha),

·         lasy mieszane    –   25,68%  (2867,67 ha),

·         lasy     –   11,92%  (1330,97 ha).

Na terenie Nadleśnictwa można wyróżnić siedliska lasowe o bogatej szacie roślinnej, uboższe siedliska borowe gdzie skład biocenozy jest skromniejszy oraz siedliska olsowe na bogatych i żyznych glebach bagiennych. Na wszystkich siedliskach borowych dominują drzewostany z panującą sosną znajdująca tu optymalne warunki wzrostu. Również na siedliskach lasowych zdecydowanie przeważają drzewostany sosnowe, ale są one systematycznie przebudowywane rębniami złożonymi na wielogatunkowe z dominacją dębu. Duże zróżnicowanie siedlisk powoduje ogromne bogactwo gatunków w ekosystemach leśnych. Las tworzą nie tylko drzewa, ale także wszystkie organizmy w nim i wokół niego istniejące. Aby zachowane były wszystkie funkcje lasu potrzebna jest równowaga w ekosystemie, niezbędne jest istnienie roślin, zwierząt roślinożernych a także zwierząt mięsożernych tak aby łańcuch troficzny mógł zamknąć obieg.

Istotną funkcją lasów jest funkcja ochronny przyrody , na obszarze Nadleśnictwa prowadzi się działania związane z ochrona gatunkową roślin, grzybów i zwierząt.

Wśród gatunków objętych ochroną ścisłą wyróżniono 2 gatunki krzewów i krzewinek, a w tym brzozę niską i wawrzynek wilczełyko. Ponadto zanotowano występowanie 21 gatunków roślin zielnych takich jak: kosaciec syberyjski, listera jajowata, przylaszczka pospolita.

Na terenie Nadleśnictwa Rajgród zanotowano występowanie 100 gatunków zwierząt chronionych. Wśród nich stwierdzono 15 gatunków ssaków, a w tym: bobra europejskiego, wilka, wydry. Na omawianym obszarze zanotowano także występowanie 5 gatunków gadów między innymi jaszczurki zwinki i zaskrońca  oraz 6 gatunków płazów, a w tym m.in. kumaka nizinnego, traszki grzebieniastej i licznych gatunków żab.

Dość urozmaiconą grupę gatunków zwierząt chronionych stanowią ptaki. Wśród 61gatunków ptaków chronionych, występujących w obrębie Nadleśnictwa, znalazły się między innymi: bielik, orlik krzykliwy, puchacz, żuraw oraz liczna grupa dzięciołów białogrzbietym i zielonosiwym.

Znaczną różnorodnością wyróżniają się również chronione gatunki owadów, głównie: biegaczy, czerwończyków oraz trzmieli.

Obok Biebrzańskiego Parku Narodowego Nadleśnictwo Rajgród jest jedynym miejscem bytowania orlika grubodziobego, najrzadszego z polskich orłów. Nasza subpopulacja stanowi około 20 % krajowej populacji.

W zasięgu terytorialnym znajduje się aktualnie 16 pomników przyrody.

     Część lasów Nadleśnictwa usytuowana jest na terenie szczególnie atrakcyjnym turystycznie. Dotyczy to zwłaszcza Pojezierza rajgrodzkiego i Kotliny biebrzańskiej. Walory turystyczno-krajoznawcze w połączeniu z cennymi zasobami przyrodniczymi predysponują ten obszar do rozwoju szczególnych form turystyki (konna, rowerowa, piesza, wodna).